Waterschappen zijn, net als gemeenten en provincies, overheden met een algemeen en een dagelijks bestuur. Het dagelijks bestuur wordt het College van Dijkgraaf en Heemraden genoemd en het algemeen bestuur heet de Verenigde Vergadering.
Moet er over een onderwerp een beslissing worden genomen, dan wordt deze vaak eerst voorbesproken in een van de betreffende adviescommissies. Daarnaast is er een Rekenkamercommissie.