De waterketen is het geheel van diensten aan huishoudens en bedrijven dat te maken heeft met het gebruik, afvoeren en zuiveren van water. Door de samenwerking wordt een extra impuls gegeven aan de ontwikkeling van een meer doelmatige en transparante waterketen. Partijen vinden de samenwerking nodig om de lastenstijging voor de burger als gevolg van noodzakelijke extra investeringen in vooral de rioleringszorg zoveel mogelijk te beperken. Volksgezondheid, leveringszekerheid en milieukwaliteit vormen daarbij de basis. De koepelorganisaties die het bestuursakkoord ondertekenden, zullen hun leden stimuleren en adviseren om de speerpunten die in het akkoord staan te realiseren.
In het bestuursakkoord staan concrete voornemens. Een ervan is het doen van vergelijkend onderzoek ter verbetering van de uitvoering van taken (benchmarking). Besturen van gemeenten en waterschappen krijgen daardoor meer inzicht in de geleverde prestaties en de kosten, en kunnen op basis daarvan hun invloed doen gelden. Dat geldt ook voor burgers en bedrijven. Op het gebied van afvalwater zal kennis en capaciteit worden gebundeld. Gemeenten gaan duidelijk maken welke kosten gemoeid zijn met het rioleringssysteem. Binnen drie jaar maken zij het rioolrecht c.q. de rioolheffing kostendekkend. Gemeenten en waterschappen realiseren een permanente samenwerking in het afvalwaterbeheer en sluiten bestuurlijke overeenkomsten om investeringen tegen de laagste maatschappelijke kosten te realiseren. Het Rijk ontwikkelt in 2007 samen met de koepels een informatiecampagne om het waterbewustzijn en de belevingswaarde van water te vergroten. De burger zal via voorlichting worden geïnformeerd over de manier waarop hij kan bijdragen aan het beschermen van het milieu door verstandig gebruik van water en riolering en over de manier waarop hij zelf de waterketenkosten kan beïnvloeden.
Het bestuursakkoord geeft een richting aan op nationaal niveau. Partijen kunnen vervolgens regionale bestuursakkoorden overeenkomen, waarbij recht wordt gedaan aan specifieke omstandigheden. De huidige verantwoordelijkheidsverdeling in de waterketen blijft ongewijzigd. Ook de afstemming tussen rioleringsbeheer en het beheer van de openbare ruimte blijft gehandhaafd omdat daarmee fors op kosten kan worden bespaard en overlast voor burgers en bedrijven wordt beperkt. Het ministerie van VROM heeft vanaf 2007 een budget van in totaal 4,3 miljoen euro beschikbaar om uitdagende en vernieuwende projecten financieel te ondersteunen. In 2009 vindt een tussentijdse ijking plaats van het waterketenbeleid.
